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Nature 592권, 277~282페이지(2021)이 기사 인용

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중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2)의 스파이크 단백질은 인간 ACE2 단백질1의 결합을 통한 바이러스 감염에 중요하며 주요 항체 표적입니다. 여기에서 우리는 SARS-CoV-2에 의한 만성 감염이 회복기 혈장으로 치료받은 면역억제 개인의 바이러스 진화와 중화 항체에 대한 민감도 감소로 이어진다는 것을 보여줍니다. 이는 101일에 걸쳐 23개 시점 동안 전체 게놈 초심층 서열을 생성하고 서열 분석을 통해 밝혀진 돌연변이를 특성화하기 위한 시험관 내 기술. 처음 57일 동안 렘데시비르를 2회 투여한 후 바이러스 집단의 전체 구조에는 거의 변화가 없었습니다. 그러나 회복기 혈장 치료 후 우리는 S2 하위 단위에 치환(D796H)이 포함되고 S1 N- 하위 단위에 결실(ΔH69/ΔV70)이 포함된 우성 바이러스 균주가 출현하면서 바이러스 개체군의 크고 역동적인 변화를 관찰했습니다. 스파이크 단백질의 말단 도메인. 수동적으로 전달된 혈청 항체가 감소함에 따라 탈출 유전자형을 가진 바이러스의 빈도가 감소한 후 최종적이고 실패한 회복기 혈장 치료 과정에서 다시 발생했습니다. 시험관 내에서 ΔH69/ΔV70 및 D796H를 모두 포함하는 스파이크 이중 돌연변이는 야생형 바이러스와 유사한 감염성 수준을 유지하면서 회복기 혈장에 대한 민감도를 약간 감소시켰습니다. 스파이크 치환 돌연변이 D796H는 회복기 혈장에 대한 감수성을 감소시키는 주요 원인인 것으로 나타났습니다. 중화항체에 대한 감수성이 있지만, 이 돌연변이로 인해 감염성 결함이 발생했습니다. 스파이크 결실 돌연변이체 ΔH69/ΔV70은 야생형 SARS-CoV-2보다 감염성 수준이 2배 더 높았으며, 이는 D796H 돌연변이의 감소된 감염성을 보상할 수 있습니다. 이러한 데이터는 회복기 혈장 치료 중 SARS-CoV-2에 대한 강력한 선택을 보여 주며, 이는 면역이 억제된 개인의 중화 항체에 대한 감수성이 감소한다는 증거를 보여주는 바이러스 변종의 출현과 관련이 있습니다.

70대 남성이 2020년 여름에 3차 병원에 입원했고, 35일 전에 지역 병원에서 비인두 면봉 채취(1일차)를 통해 역전사 정량 PCR(RT-qPCR)을 사용하여 SARS-CoV-2 양성 반응을 보였습니다. (확장 데이터 그림 1, 2). 그의 과거 병력에는 2012년에 진단된 변연 B 세포 림프종, 빈크리스틴, 프레드니솔론, 사이클로포스파마이드 및 리툭시맙을 이용한 항CD20 B 세포 고갈을 포함한 이전 화학요법이 포함되었습니다. 화학 요법과 기저 림프종 모두 B 세포와 T 세포의 결합 면역 결핍에 기여했을 가능성이 있습니다 (확장 데이터 그림 2, 3 및 보충 표 1). 흉부 컴퓨터 단층 촬영 결과 코로나바이러스감염증-19(COVID-19)와 관련된 폐렴과 일치하는 광범위한 이상이 나타났습니다(보조 그림 1). 치료에는 5일 간격을 두고 2번의 10일 렘데시비르 투여 과정이 포함되었습니다(확장 데이터 그림 1). 63일과 65일에 2단위의 회복기 혈장이 투여되었습니다(확장 데이터 그림 3). 임상 악화 후 95일에 렘데시비르와 회복기 혈장을 투여했으나 환자는 102일에 사망했다(보충 참고).

대부분의 샘플은 삽관 기간 동안 코와 목 또는 기관 내 흡인에서 채취한 호흡기 샘플이었습니다(보충 표 3). 주기 역치(Ct) 값의 범위는 16~34였으며, 23개 호흡 샘플 모두 The COVID-19 Genomics UK(COG-UK, https://www에서 구현한 ARTIC 프로토콜에 따라 표준 단일 분자 시퀀싱 접근 방식을 통해 성공적으로 시퀀싱되었습니다. .cogconsortium.uk/) 컨소시엄; 이 샘플 중 20개는 Illumina 플랫폼(보충 표 4)을 사용하여 짧은 읽기 심층 시퀀싱을 추가로 수행했습니다. 두 가지 방법 사이에는 일반적인 합의가 있었습니다(확장 데이터 그림 4). 그러나 저주파 변형에 대한 Illumina의 높은 신뢰성으로 인해 이는 공식 분석에 사용되었습니다2,3. 또한, 단일 게놈 증폭 및 호흡기 샘플에서 추출한 RNA를 사용한 스파이크 시퀀싱을 관찰된 돌연변이를 검출하기 위한 독립적인 방법으로 사용했습니다(확장 데이터 그림 4). 마지막으로 우리는 두 가지 독립적인 방법을 기반으로 재조합의 증거를 발견하지 못했습니다(데이터는 표시되지 않음).